Fundazioen Euskal Konfederazioa zenbait fundaziotako hamar lagunen ekimenez sortu zen; izan ere, ahaleginak bateratzeko aukera aztertu zuten. Eusko Jaurlaritzak berariazko legedia dauka, eta, ondorioz, euskal fundazioen errealitatea eta estatukoena ez datoz bat.

Hori horrela izanik, euskal fundazioak elkartzeko eta lankidetzan aritzeko plataforma izango den elkartea eratzea erabaki zuten. Horretarako, jarduera interesgarriak egin, kideen arteko harremana erraztu eta lan taldeak, jardunaldiak eta beste sektore proiektu batzuk egiten dira.

Konfederazioa 2003ko apirilaren 1ean eratu zen, Donostiako Kursaal jauregian. Fundazioak elkartzeko eta lankidetzan aritzeko lekua izatea du helburu, eta sektorearen interesen aldeko gure ahotsa da, jarrera pluralista batean oinarrituz, botere publikoekin hitz egiteko.